Nombre de Maladies

Alzheimer: Do Ghosts Cry? | home

Nombre de Maladies

13 novembre 2009

La proposition à débattre est que nous sommes a un stade de connaissances tel qu'on ne trouvera pas de nouvelles maladies.

Prenons une comparaison

On peut raisonnablement penser que si on fait un inventaire dans la Forêt de Fontainebleau, on ne trouvera pas d'espèce inconnue.

Nous avons décrit et étudié tous les arbres, toutes les plantes.

Probablement que si on envoit dans la forêt de nombreux botanistes pendant de nombreuses années, on trouvera des points d'interrogations.

Donc, nous avons fait l'inventaire du vivant de la Forêt de Fontainebleau et nous n'y trouverons rien qui nous surprenne.

Cela pose un problème mathématique.

Lorsque les animateurs nous expliquaient la théorie du chaos ils utilisaient un exemple étonnant mais facile à comprendre:

Nous ne pouvons pas mesurer la longueur des cotes françaises.

De la même manière, nous ne pouvons pas donner un chiffre « vrai » pour le nombre d'iles qui entourent la Suède où le nombre de lacs en Finlande.

Dans ma jeune scolarité, ce qui est aujourd'hui une évidence qui n'intéresse personne, aurait donné lieu à des débats.

Le monde intellectuel a tellement changé que des concepts qui nous posaient des problèmes intellectuels au Lycée comme les nombres virtuels et les nombres imaginaires, sont maintenant enseignés en sixième et ne posent pas de grands problèmes aux enfants.

Pourtant, cette évolution ne semble pas avoir pénétré le monde en-blanc.

Nous considérons encore le nombre de maladies comme un nombre « réel» et pas un nombre virtuel, encore moins comme un monde imaginaire.

Dans la pratique d'un médecin généraliste, ces discussions sont sans intérêt.

Lorsque le malade entre dans son magasin en clopinant parce qu'il a cassé le talon de sa chaussure; le patient (au fait nous ne devons plus dire ni malade, ni patient mais client), donc le client s'attend à ce que le docteur reconnaisse le type de chaussure qui est abimé, qu'il se retourne et trouve dans les boites rangées sur ses étagères le modèle de remplacement et l'affaire est réglée.

Est-elle vraiment réglée?

Le client est heureux de repartir avec une chaussure de remplacement et pourtant il ne sera pas vraiment satisfait, cette chaussure identique à celle cassée, fait mal au talon, comprime le coup de pied, bien qu'elle soit identique à celle qu'il avait avant l'accident, en réalité elle n'est pas confortable.

Puis le temps passant le pied s'adaptera à la chaussure, la chaussure s'adaptera au pied.

Parfois il arrive que cette adaptation ne se fait pas alors on retourne aux boites et on cherche d'autres solutions.

Parfois toutes les chaussures sont blessantes et on finit par se mettre d'accord que tout ceci est bien triste mais qu'il ne reste qu'à regretter l'ancienne chaussure mais qu'on ne retrouvera pas l'identique.

Si j'étais l'animateur d' une formation pour médecins je leur demanderais de considérer la situation et de faire un jeu de simulation, un jeu où à la fois le malade et le médecin sont aveugles.

Comment alors définir pourquoi le client boite, et comment faire pour trouver la chaussure de remplacement si on n'a accès ni à l'inventaire ni au visuel des boites qui sont sur les étagères?

Revenons à nos botanistes que nous avons laissé dans la forêt de Fontainebleau

Ils s'y ennuies énormément.

Ah si ils étaient dans la forêt de Guyane et pouvaient trouver à chaque regard de nouvelles espèces et devenir célèbres.

Puis l'ennui étant mère de l'inventivité, un botaniste commence à regarder ces arbres si connus et se pose la question:

Pourquoi sont-ils si différents l'un de l'autre?

Pourquoi peut-il voir juste en tournant sur lui-même des arbres qui poussent merveilleusement, d'autres qui semblent dépérir, d'autres qui sont carrément morts.

Supposons un chêne, peut-on dire qu'un chêne en pleine force est identique à un chêne malingre et identique à un chêne mort et pourrissant.

Regardons ces chênes, comment peut-on expliquer que les corbeaux (veuillez m'excuser, je suis un grand spécialiste en ornithologie, je reconnais le corbeau et le cygne, tous les autres entrent dans la catégorie, oh regarde ce bel oiseau!), donc comment peut-on expliquer ce ces corbeaux sont sur ce chêne, qu'ils retournent toujours sur ce chêne et pas sur ce chêne qui semble tout a fait identique juste à côté?

La soirée arrive

Un feu, une bouteille (par personne?) des discussions.

Le vin descendant dans la bouteille, le niveau des discussions monte.

Qu'est-ce qu'un arbre?

Est-ce qu'une graine peut-être considérée comme un arbre?

Aujourd'hui j'ai deux arbres qui ont poussé l'un à côté de l'autre et à force de se frotter écorce contre écorces ils se sont joints. Est-ce un arbre où deux arbres?

Le vin descendant dans les bouteilles à des niveaux où on peut discuter pour savoir à quel moment on considérer une bouteille comme totalement vide de vin et totalement pleine d'espoir?

Pourquoi un chêne?

Pourquoi un hêtre ?

Pourquoi le Créateur n'a-t-il pas fait des plantes qui soient un peu plus de cela, un peu moins de ceci?

Pourquoi pas un chêne qui soit aussi à 10% un aulne?

Lorsqu'on est en sixième on apprend la liste des nombres « entier », ceux de l'enfant, un, deux trois, quatre,

Puis l'école avançant on apprend les nombres rationnels, des nombres irrationnels, des nombres réels et lorsqu'on est bien shooté, des nombres imaginaires, comme racine de moins deux. Nombre qui si on osait le proposer au Lycée vous donnait zéro et deux heures de colle.

Alors pourquoi la Nature aurait-elle choisi de construite ses ensembles sur une base de nombre rationnel au lieu de le faire sur une base de nombre réels?

Il en est de même des maladies n'est-ce pas?

Pourquoi la liste des maladies serait-elle une liste de nombres réels comme l'inventaire d'un magasin de chaussures?

Pourquoi la liste ne serait-elle pas comme un inventaire de nombres réels?

Et lorsqu'on est dans le marais, pourquoi pas des maladies qui seraient comme racine de moins deux, des maladies que nous ne pouvons imaginer mais qui ont une existence tout de même?

Puis alcool, brume des discussions aidant, forcément un des botanistes va demander:

Qu'est-ce qu'une maladie?

Et nous ne serons pas plus capable de définir ce qu'est une maladie que nous sommes capables de définir ce qu'est le « vivant ».

Après tout, nous avons de bonnes études mathématiques qui montrent à partir de quel niveau de complexité un système est voué à la désagrégation, comme le crise financière de 2007 ou la chut de l'empire Romain. Avec de bons ordinateurs on peut même démonter que jamais un ordinateur un tant soit peu complexe ne fonctionnera d'une manière fiable.

Le corps humain a depuis longtemps dépassé le niveau de complexité à partir duquel il ne peut que se décomposer, ce qu'il fait avec enthousiasme sous la forme d'arthrite, de rhumatismes, de cancers.

Et dire que nous botanistes n'avons fait que parler des arbres que nous sommes en train de recenser et que nous n'avons même pas abordé l'écologie de la forêt, que nous n'avons pas osé parler de la faune et des inter réactions de la faune et de la flore?

Et qu'arrivait-il si nous baisions nos yeux et regardions jusqu'au niveau microscopique, trouverions nous des arbres microscopiques?

Comment pouvons nous dire que nous connaissons tous les arbres si nous ne sommes pas capables de décrire l'habitat et la dynamique de la population?

Est-ce que le pou sur la tête du gosse à l'école fait partie du gosse ou est-ce un extro organisme qu'il faut enlever?

De mon temps il était évident qu'un ténia dans le système digestif devait être enlevé, puis on découvre que si on laisse le ténia, on diminue de beaucoup la probabilité d'allergie du patient.

Aujourd'hui le vétérinaire va vous dire de vermifuger votre animal régulièrement tellement il est certain que les vers diverses ne font pas partie du « moi » de l'animal mais sont des « alien » qu'il faut détruite; Est-ce vrai? Toujours vrai?

Nouveau Chapitre

Dans les années cinquante on connaissant les virus on aurait pu dire que nous savions tout sur les maladies virales et lorsque le HIV est arrivé, nous ne savions plus rien.

Dans les années quatre vingt, on connaissait depuis longtemps la maladie d'Alzheimer, mais que voulions nous dire par connaître? Nous pouvions décrire la boite à chaussure, nous pouvions approximativement décrire le contenu de la boite, mais nous n'avions pas d'idée sur le pied auquel la chaussure irait, et nous ne savions pas comment faire marcher la chaussure et le pied. Quant à la traçabilité, d'où venait la chaussure, qui l'avait construite, qu'est-ce qu'elle contenait, nous ne savions rien.

Aussi à la fin des années quatre vingt on se doutait bien que les protéines n'étaient pas aussi simples que des blocs de lego mais est-ce qu'on savait que des protéines pouvaient se contracter comme une chaussette en laine dans une machine à laver à 90°.

Lorsque les américains ont envoyé les Apollo vers la Lune, tout aurait été sans risque, à part que les astronautes revenaient sur Terre, et comment pouvons savoir qu'ils n'avaient pas été contaminés, surtout en considérant qu'on n'avait aucune idée de quelle contamination on parlait. Alors on a fait une décontamination du type hôpital. Que faire d'autre? Et si la contamination avait été, que dire, quel mot bizarre choisir, magnétique? Qu'aurions nous fait si la contamination avait été du type d'une infection virale d'un disque dur? (pour ceux intéressés par le sujet, voir les films Alien et tout ce que Dick a à dire sur ce sujet).

Vous avez vu les films du genre Apollo 13 et vous avez vu que lors des voyages, pour faire des économies de poids on vide dans l'espace les soutes de tous les excréments. Excréments qui seront probablement un jour la graine de vie sur un corps céleste lointain; Excréments avec leurs milliaire de micro organismes et leurs milliers de protéines.

Pourquoi ne pas croire que les autres « vivants » de l'Univers en ont fait autant?

Quelle maladie mystérieuse devront nous confronter un jour?

Si le fait d'abattre la forêt primaire sur Terre et de manger les primates nous a permis d'introduire le HIV dans notre organisme, qu'en sera-t-il des germes qui arriveront des autres « Vies? ».

Talons aiguilles et Taxonomie

De même que cette jeune et jolie bourgeoise de la Banlieue (elle habite à Pont Cardinet, autant dire Ouagadougou du point du vue du Parisien), cette jeune parisienne s'attend en rentrant dans le magasin de chaussures à ce que chaque boite soit rangée logiquement et étiquetée.

Notre génération a été élevée dans l'admiration de ceux qui confrontés au désordre de la Nature ont essayé de mettre chaque espèce dans sa cage. Vous ne pouvez pas visiter Uppsala (ma ville, la seule Université qui ait vraiment une valeur) donc vous ne pouvez pas éviter Karl von Linné qui consacra sa vie à cataloguer les plantes.

Je ne sais plus qui fit le même travail pour les insectes et toutes ces petites saletés qui vous piquent dès que vous voulez faire un pic-nique où une rencontre intéressante dans la clairière.

La dernière taxonomie que j'ai vu fût la 7eme Approximation, qui comme vous le savez tous est une classification des sols du monde. Depuis la 7th Approximation est devenue la Bible universellement acceptée de l'organisation des Sols., sous le nom de Soil Taxonomie.

Sommes nous bien loin des rhumatismes?

Pas vraiment.

Depuis le 16eme siècle nous avons cette obsession de ranger le vivant, à chaque vivant sa boite, à chaque boite son étiquette, à chaque boite son rang et sa colonne dans la boutique, à chaque boutique son adresse, à chaque adresse son quartier, et cela continue.

Cela suppose que chaque objet dans une boite soit un objet réel.

Vous ne devez pas trouver dans une boite un éléphant-poule.

Et pourquoi est-ce que nous nous opposons à l'idée qu'un DNA d'éléphant puis se combiner avec un DNA de poule?

Pourquoi est-ce que le créateur de L'univers a créé des cloisons étanches entre chaque boite à chaussure?

Et nous avons accepté cette limitation, et nous avons continué l'œuvre de nos ancêtres en classifiant les maladies, à chaque maladie sa boite.

Même si cette classification ne pouvait être défendue par aucun raisonnement, par aucune étude statistique, par aucune théorie.

Prenons un exemple:

Depuis les débuts du vivant, le vivant vit en symbiose avec des organismes que nous nous plaisons à considérer comme étranger. Un exemple magnifique est le colon. Tellement magnifique que nous avons des relations de haine avec le contenu de notre colon.

La symbiose du « moi » et du contenu du colon est une symbiose miraculeuse. Nous sommes totalement incapables de le reproduire en laboratoire.

J'ai rêvé toute ma vie d'humanitaire africain de pourvoir arriver dans un village avec une machine, de mettre dans l'entrée de la machine toutes les saloperies qui trainent, et de revoir 24 heures plus tard par la sortie de la machine quelque chose de mangeable. Cette machine existe, cela s'appelle une chèvre.

Donc le colon est un lieu merveilleux, miraculeux où le moi et le non-moi coopèrent pour digérer des tas de saloperies.

Comme tout système en équilibre instable, celui-ci ne reste pas en équilibre.

Le vivant est si magnifiquement construit que cette symbiose accepte des déviations énormes, un peu comme si votre voiture acceptait de fonctionner aussi bien avec de l'essence à 110 ° d'octane, qu'avec une cochonnerie à 2% d'octane, que si votre voiture acceptait de l'essence mélangée à de l'eau, du sable, de l'air, pratiquement n'importe quoi.

Comme tout système complexe ce qui fascine le scientifique c'est l'inter-phase. L'inter-phase entre la merde et la paroi du colon. Cette inter phase on nous ne savons plus très bien si nous sommes dans une culture microbienne où dans un système chimique où dans un système cellulaire.

Est-ce que cela à une conséquence thérapeutique?

Oh que oui, voyez notre incapacité à maîtriser les MICI.

Nous nous croyons très avancés parce que depuis 100 ans nous comprenons le rôle agressif du gluten, puis nous avons en Suède compris le rôle du lactose, puis le rôle du soja, puis le rôle de dizaine d'autres composantes. Mais ceci nous pose un problème, pourquoi ce système qui est miraculeux et qui est fait pour tolérer n'importe quoi, soudain fait-il sa petite crise de timidité et rejette-t-il certains vivants, certains chimiques?

Nous comprenons si peu que lisant la littérature, nous nous trouvons enfin devant une situation qui refuse de renter dans une boite de classification.

Mieux encore, cette situation refusant de rentrer gentillement dans une boite de classification, elle s'obstine à se glisser dans des boites qui ne sont pas les siennes, tien, pourquoi est-ce qu'elle ne se glisserait pas dans l'immense boite des rhumatismes et arthroses?

Ou, pourquoi pas, si c'était la boite rhumatisme qui s'était entre ouverte et avait versé un peu de son contenu dans la boite « digestion »?

Talons mathématiques

Nous sommes d'une génération qui a appris les tables de multiplications et qui au Collège devait chaque jour avaler sa ration de

7x+2=27

Calculer x

Puis nos livres compliquaient à plaisir l'équation, mais le problème restait un problème irréaliste.

Irréaliste, qu'est ce qu'il y a d'irréaliste a enseigner à un gosse à calculer le prix d'une pomme sachant que un kg de pommes coûte 3 euros?.

Déjà les professeurs de ma génération se rendaient compte que c'était là des mathématiques de contes de fées.

La vraie question qu'il fallait résoudre est du genre:

Sachant qu'une télévision coûte 500 euros

Sachant que la facture d'électricité qui reste à payer est de 200 euros.

Sachant que l'achat de la télévision va influencer la facture d'électricité.

Sachant que la télévision par ses publicités va augmenter les dépenses absurdes

Nous sommes dans les vraies mathématiques, celles qui sont booléennes et interactives et rétroactives.

Le fait de trouver la valeur de « x » va influencer la valeur des constantes et changer la valeur de x.

Situation que nous retrouvons constamment en médecine

Un malade arrive avec des symptômes que nous classons dans l'immense fouillis qui règne dans la boite des virus grippaux.

Soit on le soigne, soit on laisse au temps le temps d'agir.

Si on le soigne on aura des rétro actions par exemple sur les rhumatismes, qui peuvent être bonnes ou mauvaises.

Si on le soigne on aura forcément des effets et des conséquences sur une période de 10 ans. Un peu comme si le médicament était analogue à de l'amiante.

Nous voulons agir selon la logique que nous maitrisons

Sachant que a=7 et B=5 quelle est la valeur de x dans

x= a*b

alors que nous sommes dans une logique bien plus intéressante

Sachant que a dépend de b et que b dépend de a et que a et b dépendent d'un facteur c inconnu, quelle est le lieu et l'intensité des valeurs de « x ».

Ceci est la vie telle qu'elle est du médecin.

Tout médecin qui a vingt ans d'expérience soit avoir dans son vécu le souvenir d'un malade qui a été tué par un médicament, bien que ce médicament devait selon l'étiquette de la boite le guérir.

Lorsque comme humanitaire agronome en Afrique je donnais du paracétamol je voyais avec angoisse arriver la journée suivante:

Est-ce qu'il allait revenir se sentant « mieux » ou allait-il décéder?

Et pour dire adieu à cette chère gourde bécassinière de la banlieue ayant t cassé son talon dans la Gare St Lazare, cette délicieuse gourde allant dans un magasin de chaussure peut aussi bien sortir avec une nouvelle paire magnifique ou une paire de chaussure qui va être la source de maux de dos, où ne jamais ressortir du magasin de chaussure, pauvre gourde elle est entrée dans le magasin où travaille un violeur tout juste sorti d'une prison de Betsaraba.

Ps :Times on line

From Times Online

October 8, 2009

It’s what’s inside that counts

http://www.timesonline.co.uk/tol/news/science/article6863139.ece?token=null&offset=12&page=2

Bacteria in your intestines say as much about your health as your DNA: The consequences for medical science are huge

Mark Henderson, Science Editor

From Eureka, our new science and

environment magazine

Most of us like to consider ourselves human. We are naked, upright, bipedal apes. We have large brains that give us the ability, unique among animals, to read and understand these sentences. We have 46 chromosomes, bearing a genetic code found in our species alone. We feel comfortable in our identity of Homo sapiens.

Count up our cells, however, and a more nuanced picture emerges. A typical adult boasts about 10 trillion cells in solid tissues and another 25 trillion red blood cells that supply the others with oxygen. But large as these numbers may seem, they are but minority players in the rich ecosystems that are our bodies. Our own cells are outnumbered at least ten to one by others that do not even belong to the same branch of the tree of life as we do. From a cellular perspective all of us are mostly bacteria.

The adult human body is home to more than 100 trillion bacteria. There are teeming colonies of bugs all over our noses, mouths, skin and genitals, and most of all in our intestines. The average gut holds 1.5kg of microbes, belonging to thousands of species that have evolved alongside us — and inside us — for thousands of years. These bacteria are as much a part of us as our kidneys, our livers or our lungs and science is increasingly coming to understand that they can be just as important to our metabolism and health. They are what Mike Wilson, Professor of Microbiology at University College London, calls “our forgotten organ”.

Forgotten once, perhaps, but no longer. Just as the sequencing of the human genome has started to reveal how DNA variations shape every individual’s health, ambitious new approaches to studying the human “microbiome” are opening another frontier for medicine. The US National Institutes of Health last year invested $100 million (£62 million) in a Human Microbiome Project, to do for our bacteria what the Human Genome Project did for our DNA. It will characterise our native flora, where they live and how they vary from person to person.

Professor Wilson, who has been studying the microbiology of the human ecosystem for four decades, believes that even as this initiative is beginning, we are closing in on a tipping point in understanding how humanity’s bacterial passengers affect health.

“As we learn more about our indigenous microbiota, that we live in harmony with organisms that outnumber our cells ten to one, we’ve got a better chance of working out what happens when things go wrong,” he said. “That should allow us to develop new approaches to treating disease and manipulating the indigenous microbiota to prevent disease.”

Each of us has a gut microbiome as unique as our genome and, just like genetic variations, our bacterial idiosyncrasies can affect predisposition to disease and susceptibility to drugs. The bacteria we carry may influence not only bowel disorders such as ulcerative colitis and gastroenteritis, but also conditions as diverse as schizophrenia, hospital superbugs, obesity and autism, as well as the toxicity and effectiveness of medicines.

As the bacteria in your gut are much more easily altered than the DNA of your genome, they are a more attractive target for personalised medicine. “One advantage over the genome is that the gut flora are amenable to change,” said Glenn Gibson, Professor of Microbiology at the University of Reading. “If there’s a problem there is potential to do something about it.”

At Imperial College London, a team led by Jeremy Nicholson, Professor of Biological Chemistry, is applying these insights to healthcare. “It now seems that you’re as likely to be unique microbiologically as you are genetically,” he said. “There’s at least 100 times more genetic information in your gut than there is in the human genome. We think we can move towards measuring and drugging that extended genome.”

We tend to think of bacteria as unwanted intruders, as infectious agents that make us ill. This, though, is only part of the picture. Many bacterial species are symbiotic with human beings, living harmlessly and even beneficially in the gut. Bifidobacteria are a prime example. The members of this microbial genus feed on plant fibres which human beings cannot break down, creating by-products that are digestible to us. About 15 per cent of our daily calories are made available this way.

Bifidobacteria also have an important defensive role because their residence protects the gut against unwelcome squatters, such as Escherichia coli O157 and Clostridium difficile. It is “friendly bacteria” such as Bifidobacteria that food companies encourage you to “top up” by drinking them in probiotic yoghurts. There is little evidence that these products do much good — adding the few million bacteria they contain to a gut with trillions is a bit like pouring water into the ocean. But the principle that a healthy gut makes a healthy body, and that its flora can change for good or for ill, is a sound one that is poised to become an integral part of medicine.

A very modern pandemic gives us a glimpse of how this might happen. Obesity is rising in prevalence across the developed world: in 2006, 24 per cent of adults in England were classified as obese, compared with 15 per cent in 1993. While genetic variations affect our susceptibility to obesity, the pandemic has developed too quickly for these to have been a factor. The environment is surely to blame. The usual culprits that are singled out are calorie-dense diets and sedentary lifestyles, which are indeed critical. Another underappreciated contributor, though, may be bacteria.

A fascinating study led by Professor Jeff Gordon, of Washington University in St Louis, found in 2007 that the gut flora of obese people are demonstrably different to those of the lean. The seriously overweight tend to have higher concentrations of Firmicute bacteria and lower quantities of a group called Bacteroidetes, while in people of healthy weight the position is reversed.

This makes microbiological sense because Firmicutes are effective processors of otherwise indigestible foods. They may be working too well. For Professor Nicholson, this raises two tantalising possibilities. First, it may be possible “to change calorific availability by messing around with bugs, to manipulate them to make yourself less efficient at absorbing things, so you put on less weight”.

Second, Professor Gordon’s findings suggest that diet and exercise may not be the only aspects of modern lifestyles that matter. “The microbiome has certainly changed a lot over the past 50 years in terms of species and part of that is because we use antibiotics,” Professor Nicholson said. “Since the Second World War, we’ve been using lots of antibiotics. Well, guess what? They’ve killed the good bugs as well. A lot of diseases have become more common in the West since the Second World War, such as type 2 diabetes and obesity. Now that the Far East is westernising, you’re seeing the same thing there. You’ve got more western diets, which can change your bugs, and antibiotic use is going up as well.”

Antibiotics are also a candidate for involvement in several conditions besides obesity because their use can promote the growth of Clostridia. These are a genus of Firmicute and a roll call of its species demonstrates that few of them are kind to us: C. tetani causes tetanus, C. botulinum botulism and C. difficile is best known as a hospital superbug.

Clostridia are well-placed to survive antibiotics because they are the only human gut bacteria that can make spores. “These spores are basically like a cocoon that can resist difficult environments and then regenerate when conditions are more favourable,” Professor Gibson said. “If you’re piling antibiotics into the gut that’s going to produce an unfavour-able environment for the flora and Clostridia are going to resist better than the others.”

The high concentrations of Clostridia that antibiotics can promote are bad news because many of these species produce cresol, a toxin that can cause abdominal pain, kidney problems and nerve damage. There are even indications that these bacteria may be involved in neurological and psychiatric conditions: abnormally high levels of Clostridia are often present in the guts of people with autism and schizophrenia, though it is not known whether there is a causative effect.

One possible explanation is that toxins produced by Clostridia enter the metabolic system and reach the brain at critical phases in its development. Professor Nicholson and Professor Gibson are investigating this hypothesis.

The toxins pumped out by bugs such as Clostridia may also be the key to another physiological effect of the gut microbiome: its influence on the safety and efficacy of drugs. The body processes many medicines by sulphation, a mechanism also used to handle toxins such as cresol, which is produced by Clostridia. The presence of large numbers of Clostridia, and hence high quantities of cresol, could thus overload the body’s capacity to perform sulphation and detoxify drugs.

In August, a study led by Professor Nicholson showed that differences in gut flora can influence responses to paracetamol in just this fashion. The suggestion is that the drug — and many others that are detoxified by sulphation — may present more of an overdose risk to people with particular gut microbiota. This means that it could be possible to assess gut bacteria by testing for tell-tale metabolites in urine, to help doctors to prescribe drugs that are most likely to be safe for individual patients.

It may even be possible to use gut bacteria to make drugs less dangerous or more effective. “Maybe we could change your gut profile so it becomes suitable for you,” Professor Nicholson said. “We may be able to modulate drug metabolism and toxicity. It’s interventional personalisation: this is the way you are, this is what you need and we can change you to make it work. Nobody’s ever done that before.”

The big question, of course, is how this might be achieved. Probiotics may be part of the answer, but there are practical difficulties in identifying the right organisms to introduce and then getting them past the high acidity of the stomach and into the gut in sufficient numbers.

More promising are prebiotics. These are non-digestible nutrients, typically galactooligosaccharides and fructooligosaccharides, which promote the growth of Bifidobacteria at the expense of villains such as Clostridia. According to Professor Wilson and Professor Gibson, there is mounting evidence that these could be employed to alter drug metabolism and to fortify us against a range of diseases.

“When I reviewed the evidence in 2005 there was very little that [suggested] we could manipulate gut bacteria at all, and even less for benefits to health,” Professor Wilson said. “Now my attitude has changed. There’s still not much evidence for probiotics, but for prebiotics the picture is very different.” Professor Gibson agrees: “We should absolutely be using prebiotics to intervene at the level of the gut flora.” Prebiotic supplements for hospital patients, he said, could be an effective way of reducing C. diff infections in hospitals. They could protect the elderly against food-borne illnesses such as E. coli O157, which become more dangerous because Bifidobacteria populations fall with age. They may even prove to be viable interventions for conditions such as autism.

“We aren’t there yet, but I can envisage everybody having a barcode of gut flora make-up,” Professor Gibson said. “Then we can get a handle on their risk of irritable bowel syndrome, autism, obesity, drug toxicity, and then make interventions to reduce these risks.”